Kanser üzerine son dönemlerde yapılan araştırmalar yeni keşifler ortaya çıkarıyor.
Yapılan çalışmalara göre, kanser ve genler arasında bir ilişki olabilir. Kanser üzerine yapılan çalışmalarla ortaya çıkan bu sonuca göre hangi genlerin kanser ile ilişkili olduğunu sizler için derledik.
ABL1
Bu gen, hücre bölünmesi, yapışma, farklılaşma ve strese tepki gibi çeşitli hücresel işlemlerde yer alan bir protein tirozin kinazı kodlayan bir protoonkojendir. Proteinin aktivitesi, SH3 alanı tarafından negatif olarak düzenlenir. Bu geni kodlayan bölgenin silinmesi bir onkojene yol açar. Her yerde eksprese edilen protein, CDC2 aracılı fosforilasyon ile düzenlenen ve bir hücre döngüsü işlevi gösteren DNA bağlama aktivitesine sahiptir. Bu genin çeşitli lösemilerdeki çeşitli translokasyon ortağı genleri ile kaynaşmış olduğu, özellikle de kesme noktası küme bölgesi geninin (BCR; MIM: 151410) 5 ′ ucuyla füzyonla sonuçlanan t (9; 22) translokasyonu ile kaynaşmış olduğu bulunmuştur. [RefSeq, Ağu 2014]
AKT1
AKT1 geni tarafından kodlanan serin-treonin protein kinazı, serum açlığı olan primer ve ölümsüzleştirilmiş fibroblastlarda katalitik olarak aktif değildir. AKT1 ve ilgili AKT2, trombosit kaynaklı büyüme faktörü ile aktive edilir. Aktivasyonun fosfatidilinositol 3-kinaz ile gerçekleştiği gösterilmiştir. Gelişmekte olan sinir sisteminde AKT, büyüme faktörünün neden olduğu nöronal sağkalımın kritik bir aracıdır. Hayatta kalma faktörleri, apoptozu, apoptotik makinenin bileşenlerini fosforile eden ve etkisiz hale getiren serin / treonin kinaz AKT1’i aktive ederek transkripsiyondan bağımsız bir şekilde baskılayabilir. Bu gendeki mutasyonlar, Proteus sendromu ile ilişkilendirilmiştir. Bu gen için alternatif olarak birleştirilmiş çoklu transkript varyantları bulunmuştur. [RefSeq, Temmuz 2011]
ALK
Bu gen, insülin alıcısı üst ailesine ait olan bir reseptör tirozin kinazı kodlar. Bu protein, hücre dışı bir alan, tek geçişli bir transmembran bölgeye karşılık gelen bir hidrofobik gerilme ve bir hücre içi kinaz alanını içerir. Beynin gelişiminde önemli bir rol oynar ve sinir sistemindeki belirli nöronlar üzerindeki etkilerini kullanır. Bu genin, anaplastik büyük hücreli lenfomalar, nöroblastom ve küçük hücreli dışı akciğer kanseri dahil olmak üzere bir dizi tümörde yeniden düzenlendiği, mutasyona uğradığı veya çoğaltıldığı bulunmuştur. Kromozomal düzenlemeler, bu gende en yaygın genetik değişikliklerdir; bu, ALK (kromozom 2) / EML4 (kromozom 2), ALK / RANBP2 (kromozom 2), ALK / ATIC (kromozom 2) dahil olmak üzere tümör genezinde çoklu füzyon genlerinin yaratılması ile sonuçlanır. 2), ALK / TFG (kromozom 3), ALK / NPM1 (kromozom 5), ALK / SQSTM1 (kromozom 5), ALK / KIF5B (kromozom 10), ALK / CLTC (kromozom 17), ALK / TPM4 (kromozom 19) ve ALK / MSN (kromozom X) tarafından sağlanır. [RefSeq, Ocak 2011]
APC
Bu gen, Wnt sinyal yolunun bir antagonisti olarak görev yapan bir tümör baskılayıcı proteini kodlar. Ayrıca hücre göçü ve yapışma, transkripsiyonel aktivasyon ve apoptozis gibi diğer işlemlerde de rol oynar. Bu gendeki bozukluklar, genellikle maligniteye kadar ilerleyen otozomal dominant bir malign öncesi hastalık olan ailesel adenomatous polipozisine (FAP) neden olur. Hastalıkla ilişkili mutasyonlar, mutasyon kümesi bölgesini (MCR) belirten küçük bir bölgede kümelenme eğilimindedir ve kesilmiş bir protein ürünü ile sonuçlanır. [RefSeq tarafından sağlanan, Temmuz 2008]
ATM
Bu gen tarafından kodlanan protein, PI3 / PI4-kinaz ailesine aittir. Bu protein, fosforile eden önemli bir hücre döngüsü kontrol noktası kinazdır; bu nedenle, tümör baskılayıcı proteinler p53 ve BRCA1, kontrol noktası kinaz CHK2, kontrol noktası proteinleri RAD17 ve RAD9 ve DNA onarım proteini NBS1 dahil olmak üzere çok çeşitli aşağı akış proteinlerinin düzenleyicisi olarak işlev görür. Bu proteinin ve yakından ilişkili kinaz ATR’nin, DNA hasarına hücre tepkisi ve genom stabilitesi için gereken hücre döngüsü kontrol noktası sinyal yollarının ana kontrolörleri olduğu düşünülmektedir. Bu gendeki mutasyonlar, otozomal resesif bir hastalık olan ataksi telanjiektazi ile ilişkilidir. [RefSeq, Ağu 2010]
BMPR1A
BMPR1A genindeki 60’tan fazla mutasyonun, juvenil polipoziz sendromuna neden olduğu bulunmuştur. Çoğu BMPR1A gen mutasyonu, anormal derecede kısa, fonksiyonel olmayan bir proteinin üretilmesine neden olur. Sonuç olarak, BMPR1A proteini TGF-β yolağındaki ligandlara bağlanamaz. Bağlanmadaki bu bozulma, SMAD protein kompleksinin aktivasyonuna müdahale eder. Bu aktif olmayan kompleks, hücre büyümesini ve belirli genlerin aktivitesini düzenlemenin gerekli olduğu çekirdeğe taşınmaz. Düzensiz hücre büyümesi, çocuk polipozis sendromu olan kişilerde polip oluşumuna yol açabilir.
BRAF
Bu gen, RAF serin / treonin protein kinaz ailesine ait bir proteini kodlar. Bu protein, hücre bölünmesini, farklılaşmasını ve salgılanmasını etkileyen MAP kinaz / ERK sinyal yolunun düzenlenmesinde rol oynar. Bu gendeki mutasyonlar, en yaygın olarak V600E mutasyonu, melanomda en sık kansere neden olan mutasyonlardır ve Hodgkin olmayan lenfoma, kolorektal kanser, tiroid karsinomu, küçük olmayan hücre de dahil olmak üzere diğer çeşitli kanserlerde de tanımlanmıştır. akciğer kanseri, kıllı hücreli lösemi ve akciğer adenokarsinoması. Bu gendeki mutasyonlar, örtüşen fenotipler sergileyen kardiyofiokutan, Noonan ve Costello sendromlarıyla da ilişkilidir. X kromozomunda bu genin bir psödojeni tanımlanmıştır. [RefSeq, Ağu 2017]
BRCA1
Araştırmacılar, BRCA1 geninde 1.800’den fazla mutasyon tespit etmişlerdir. Bu mutasyonların birçoğu hem erkek hem de kadınlarda artan meme kanseri riskinin yanı sıra diğer bazı kanser türleriyle de ilişkilidir. Bu mutasyonlar vücuttaki her hücrede bulunur ve bir nesilden diğerine geçirilebilir. Sonuç olarak, ailelerde kümelenen kanserler ile ilişkilidirler. Bununla birlikte, BRCA1 geninde bir mutasyon geçiren herkes kanser geliştirmez. Diğer genetik, çevresel ve yaşam tarzı faktörleri de bir kişinin kanser riskine katkıda bulunur.
BRCA1 gen mutasyonlarının çoğu, BRCA1 proteininin anormal derecede kısa bir versiyonunun üretilmesine neden olur veya herhangi bir proteinin, genin bir kopyasından yapılmasını önler. Sonuç olarak, bu proteinden daha az zarar görmüş DNA’nın onarılmasına veya diğer genlerde meydana gelen mutasyonların düzeltilmesine yardımcı olmak için kullanılabilir. Bu kusurlar biriktikçe, bir tümör oluşturmak için hücrelerin büyümesini ve kontrolsüz bir şekilde bölünmelerini sağlar.
Meme kanseri riskini artıran aynı BRCA1 gen mutasyonlarının birçoğu (yukarıda tarif edilen) ayrıca yumurtalık kanseri riskini de arttırır. Bu mutasyonlara sahip ailelerin genellikle kalıtsal meme ve yumurtalık kanseri sendromundan etkilendiği söylenir. BRCA1 gen mutasyonları olan kadınların, genel popülasyondaki yüzde 1,6 ile karşılaştırıldığında, yaşamlarında yumurtalık kanseri gelişme şansı yüzde 35 ila 60 arasındadır.
En az beş kalıtsal BRCA1 gen mutasyonunun prostat kanseri riskini arttırdığı bulunmuştur. Bu mutasyonlar, BRCA1 proteininin, DNA’yı tamir etme kabiliyetini azaltır ve potansiyel olarak zararlı mutasyonların, çeşitli diğer genlerde kalmasını sağlar. Zarar verici mutasyonların birikmesi, kontrol dışı hücre büyümesine ve bir tümörün gelişmesine neden olabilecek bölünmelere neden olabilir. Prostat kanseri riskini artıran bir BRCA1 gen mutasyonu taşıyan erkekler, diğer kanserler için de yüksek risk altında olabilir.
BRCA1 genindeki kalıtsal mutasyonlar, pankreas kanseri ve kolon kanseri de dahil olmak üzere diğer bazı kanser türlerinin riskini de arttırır. Bu mutasyonlar, BRCA1 proteininin zarar görmüş DNA’nın onarımına yardımcı olma yeteneğini zayıflatır. Hatalar DNA’da birikirken, bir tümör oluşturmak için düzen vermeden hücrelerin büyümesini ve bölünmesini tetikleyebilir. BRCA1 mutasyonlu farklı bireylerin neden farklı organlarda kanser geliştirdiği açık değildir. Belirli organları etkileyen çevresel faktörler, belirli bölgelerde kanser gelişimine katkıda bulunabilir.
BRCA2
Araştırmacılar, BRCA2 geninde 1.800’den fazla mutasyon tespit etti. Bu mutasyonların birçoğu hem erkek hem de kadınlarda artan meme kanseri riskinin yanı sıra diğer bazı kanser türleriyle de ilişkilidir. Bu mutasyonlar vücuttaki her hücrede bulunur ve bir nesilden diğerine geçirilebilir. Sonuç olarak, ailelerde kümelenen kanserler ile ilişkilidirler. Bununla birlikte, BRCA2 geninde bir mutasyon geçiren herkes kanser geliştirmez. Diğer genetik, çevresel ve yaşam tarzı faktörleri de bir kişinin kanser riskine katkıda bulunur.
BRCA2 gen mutasyonlarının çoğu, BRCA2 proteininin anormal derecede küçük, işlevsel olmayan bir versiyonunun, her hücrede genin bir kopyasından üretilmesine yol açar. Sonuç olarak, bu proteinden daha az zarar görmüş DNA’nın onarılmasına veya diğer genlerde meydana gelen mutasyonların düzeltilmesine yardımcı olmak için kullanılabilir. Bu kusurlar biriktikçe, bir tümör oluşturmak için hücrelerin büyümesini ve kontrolsüz bir şekilde bölünmelerini sağlar.
Meme kanseri riskini artıran aynı BRCA2 gen mutasyonlarının çoğu (yukarıda tarif edilmiştir) ayrıca yumurtalık kanseri riskini de arttırır. Bu mutasyonlara sahip ailelerin genellikle kalıtsal meme ve yumurtalık kanseri sendromundan etkilendiği söylenir. BRCA2 gen mutasyonları olan kadınların, genel popülasyondaki yüzde 1,6 ile karşılaştırıldığında, yaşamlarında yumurtalık kanseri gelişme olasılığı yaklaşık yüzde 12 ila 25’tir.
30’dan fazla kalıtsal BRCA2 gen mutasyonunun prostat kanseri riskini arttırdığı bulunmuştur. Bu mutasyonlara sahip erkeklerin, daha erken yaşlarda prostat kanseri gelişme olasılığı daha yüksektir ve hastalığın agresif bir şekline sahip olma riski daha yüksek olabilir. Ayrıca diğer kanserler için yüksek risk altında olabilirler.
BRCA2 gen mutasyonları, BRCA2 proteininin DNA’yı tamir etme kabiliyetini azaltır ve potansiyel olarak zarar veren mutasyonların çeşitli diğer genlerde kalmasını sağlar. Zarar veren mutasyonların birikmesi, kontrol dışı hücre büyümesine ve tümör gelişmesine neden olabilecek bölünmelere yol açabilir.
Fanconi anemisi ile ilişkilendirilmiştir.
BRCA2 genindeki kalıtsal mutasyonlar, pankreas kanseri ve melanom olarak adlandırılan agresif bir cilt kanseri biçimi de dahil olmak üzere diğer bazı kanser türlerinin riskini de arttırmaktadır. Bu mutasyonlar, BRCA2 proteininin zarar görmüş DNA’nın onarımına yardımcı olma yeteneğini zayıflatır. Hatalar DNA’da birikirken, bir tümör oluşturmak için düzen vermeden hücrelerin büyümesini ve bölünmesini tetikleyebilir. BRCA2 mutasyonlu farklı bireylerin neden farklı organlarda kanser geliştirdiği açık değildir. Belirli organları etkileyen çevresel faktörler, belirli bölgelerde kanser gelişimine katkıda bulunabilir.
BRIP
BRIP geni fankoni anemisi, mem kanseri ve yumurtalık kanseri ile ilişkilendirilmiştir.
Meme kanseri (BC): Meme epitel dokusundan kaynaklanan yaygın bir malignite. Meme neoplazmaları histolojik düzenleriyle ayırt edilebilir. İnvaziv duktal karsinom en sık görülen tiptir. Meme kanseri etiyolojik ve genetik olarak heterojendir. Önemli genetik faktörler ailesel oluşum ve bilateral tutulum ile gösterilmiştir. Birden fazla lokustaki mutasyonlar farklı ailelerde veya aynı durumda bile olabilir.
Fanconi anemi tamamlama grubu J (FANCJ): Tüm kemik iliği elemanlarını etkileyen ve anemi, lökopeni ve trombopeni ile sonuçlanan bir hastalık. Kalp, böbrek ve uzuv malformasyonları, dermal pigment değişiklikleri ve malignitelerin gelişmesine yatkınlıkla ilişkilidir. Hücresel düzeyde, DNA’ya zarar veren ajanlara aşırı duyarlılık, kromozomal instabilite (artan kromozom kırılması) ve hatalı DNA onarımı ile ilişkilidir.
CDK4
Bu gen tarafından kodlanan protein, Ser / Thr protein kinaz ailesinin bir üyesidir. Bu protein, S. cerevisiae cdc28 ve S. pombe cdc2’nin gen ürünlerine oldukça benzerdir. Hücre döngüsü G1 faz ilerlemesi için önemli olan protein kinaz kompleksinin katalitik bir alt birimidir. Bu kinazın aktivitesi, düzenleyici alt üniteler D-tipi siklinler ve CDK inhibitörü p16 (INK4a) tarafından kontrol edilen G1-S fazıyla sınırlıdır. Bu kinazın, retinoblastoma gen ürününün (Rb) fosforilasyonundan sorumlu olduğu gösterilmiştir. Bu tipteki ve D-tipi siklinler, p16 (INK4a) ve Rb dahil olmak üzere ilgili proteinlerdeki mutasyonların, çeşitli kanserlerin tümörijenezi ile ilişkili olduğu bulundu. Bu genin çoklu poliadenilasyon bölgeleri bildirilmiştir. [RefSeq, 2008]
CDK4 geni melanoma ile ilişkilendirilmiştir.
CDH1
Bu gen, cadherin süper ailesinin klasik bir kadherini kodlar. Alternatif ekleme, en azından biri olgun glikoproteini üretmek için proteolitik olarak işlenmiş bir preproproteini kodlayan çoklu transkript varyantları ile sonuçlanır. Bu kalsiyum bağımlı hücre hücresi yapışma proteini, beş hücre dışı cadherin tekrarından, bir transmembran bölgesinden ve yüksek oranda korunmuş bir sitoplazmik kuyruktan oluşur. Bu gendeki mutasyonlar, mide, meme, kolorektal, tiroid ve yumurtalık kanseri ile ilişkilidir. Bu genin fonksiyon kaybının, proliferasyon, istila ve / veya metastazı artırarak kanserin ilerlemesine katkıda bulunduğu düşünülmektedir. Bu proteinin ektodomain, memeli hücrelerine bakteri yapışmasına aracılık eder ve sitoplazmik alan, içselleştirme için gereklidir. Bu gen, kromozom 16’daki kadherin ailesinin diğer üyeleriyle birlikte bir gen kümesinde bulunur. [RefSeq, 2015]
CDKN2A
Bu gen, ilk ekzonlarında farklı olan birkaç transkript varyantı üretir. CDK4 kinaz inhibitörleri olarak işlev gördüğü bilinen yapısal olarak ilişkili izoformları kodlayan, farklı proteinleri şifreleyen en az üç alternatif olarak eklenmiş varyant bildirilmiştir. Kalan transkript, genin geri kalanının yukarısında 20 Kb bulunan alternatif bir birinci ekzon içerir; Bu transkript, diğer değişkenlerin ürünleri ile yapısal olarak ilişkili olmayan bir proteini belirten alternatif bir açık okuma çerçevesi (ARF) içerir. Bu ARF ürünü, p53’ün bozulmasından sorumlu bir protein olan E3 ubiquitin-protein ligaz MDM2 ile etkileşime girebildiği ve bunu sekestre edebildiği için tümör baskılayıcı protein p53’ün bir dengeleyicisi olarak işlev görür. Yapısal ve işlevsel farklılıklara rağmen, CDK inhibitörü izoformları ve bu gen tarafından kodlanan ARF ürünü, CDK4 ve p53’ün hücre döngüsü G1 ilerlemesindeki düzenleyici rolleri vasıtasıyla kodlanır, hücre döngüsü G1 kontrolünde ortak bir işlevselliği paylaşır. Bu gen, çok çeşitli tümörlerde sıklıkla mutasyona uğrar veya silinir ve önemli bir tümör baskılayıcı gen olduğu bilinmektedir. [RefSeq, Eyl 2012]
CDNK2A kafa ve boyun skuamoz hücreli kanseri, akciğer kanseri, melanoma, meme ve pancreas kanseri ile ilişkilendirilmiştir.
CSF1R
Bu gen tarafından kodlanan protein, makrofajların üretimini, farklılaşmasını ve fonksiyonunu kontrol eden bir sitokin olan koloni uyarıcı faktör 1 için reseptördür. Bu reseptör, bu sitokinin biyolojik etkilerinin tümü değilse de en çok aracıdır. Ligand bağlanması, reseptör kinazı bir oligomerizasyon ve transfosforilasyon işlemi ile aktive eder. Kodlanmış protein, bir tirozin kinaz transmembran reseptörü ve tirozin-protein kinazların CSF1 / PDGF reseptör ailesinin bir üyesidir. Bu gendeki mutasyonlar, miyeloid maligniteye yatkınlık ile ilişkilendirilmiştir. Bu genin ilk intronu, ters yönde yönlendirilmiş transkripsiyonel olarak aktif olmayan bir ribozomal protein L7 ile işlenmiş psödojen içerir. Alternatif ekleme, çoklu transkript varyantlarına yol açar. Bir LTR promotöründen bir ek varyantının ekspresyonu Hodgkin lenfoma (HL), HL hücre çizgileri ve anaplastik büyük hücreli lenfomada bulunmuştur. [RefSeq, Mar 2017 tarafından sağlanan]
CHEK2
CHEK2 geni, kontrol noktası kinaz 2 (CHK2) olarak adlandırılan bir protein yapmak için talimatlar sağlar. Bu protein, bir tümör baskılayıcı görevi görür, bu, hücrelerin çok hızlı bir şekilde büyümesini ve bölünmesini önleyerek veya kontrolsüz bir şekilde tutmasını sağlayarak hücre bölünmesini düzenlediği anlamına gelir. CHK2 proteini, DNA zarar gördüğünde veya DNA iplikçikleri kırıldığında aktive olur. DNA, toksik kimyasallar, radyasyon veya ultraviyole (UV) gibi güneş ışığından kaynaklanan ışınlardan zarar görebilir ve kromozomlar genetik materyal alışverişinde bulunduğunda DNA iplikçiklerinde de doğal olarak meydana gelir.
DNA hasarına cevap olarak, CHK2 proteini, tümör proteini 53 (TP53 geninden üretilir) dahil olmak üzere diğer birkaç proteinle etkileşime girer. Bu proteinler hücre bölünmesini durdurur ve bir hücrenin hasarı onaracağını mı yoksa kendi kendini imha etmeyi kontrollü bir şekilde mi (apoptoz geçirir) belirler. Bu işlem mutasyona uğramış veya hasar görmüş DNA’lı hücrelerin bölünmesini engelleyerek tümörlerin gelişmesini önler.
CHEK2 geni meme kanseri, Li-Fraumen sendromu, yumurtalık kanseri, prostat kanseri, akciğer, böbrek, tiroid ve kolon kanseri ile ilişkilendirilmiştir.
CTNNB1
Bu gen tarafından kodlanan protein, yapışık bileşikleri (AJ’ler) oluşturan bir protein kompleksinin bir parçasıdır. AJ’ler, hücre büyümesini ve hücreler arasındaki yapışmayı düzenleyerek epitel hücre katmanlarının oluşturulması ve sürdürülmesi için gereklidir. Kodlanmış protein ayrıca, aktin hücre iskeletini tutturur ve epitelyal tabaka tamamlandıktan sonra hücrelerin bölünmeyi durdurmasına neden olan temas önleme sinyalini iletmekten sorumlu olabilir. Son olarak, bu protein, kolonun adenomatoz polipozunda mutasyona uğramış APC geninin ürününe bağlanır. Bu gendeki mutasyonlar kolorektal kanser (CRC), pilomatriksoma (PTR), medulloblastom (MDB) ve yumurtalık kanserinin bir nedenidir. Alternatif ekleme, çoklu transkript varyantlarına yol açar. [RefSeq, Ağu 2016 tarafından sağlanan]
EGFR
Bu gen tarafından kodlanan protein, protein kinaz süper ailesinin bir üyesi olan bir transmembran glikoproteinidir. Bu protein, epidermal büyüme faktörü ailesinin üyeleri için bir reseptördür. EGFR, epidermal büyüme faktörüne bağlanan bir hücre yüzeyi proteinidir. Proteinin bir ligana bağlanması, reseptör dimerizasyonunu ve tirozin otofosforilasyonunu indükler ve hücre çoğalmasına yol açar. Bu gendeki mutasyonlar akciğer kanseri ile ilişkilidir. [RefSeq, Haz 2016 tarafından sağlanan]
ERBB2
Bu gen, reseptör tirozin kinazların epidermal büyüme faktörü (EGF) reseptör ailesinin bir üyesini kodlar. Bu proteinin kendine ait bir ligand bağlama alanı yoktur ve bu nedenle büyüme faktörlerini bağlayamaz. Bununla birlikte, bir ligand bağını stabilize eden ve bir mitojenle aktive olan protein kinaz ve fosfatidilininositol-3 kinazı içerenler gibi akış aşağı sinyal yollarının kinaz aracılı aktivasyonunu güçlendiren ve ligand bağını stabilize eden bir heterodimer oluşturmak üzere diğer ligand bağlı EGF reseptörü ailesi üyelerine sıkıca bağlanır. Burada gösterilen en yaygın alel olan Ile654 / Ile655 ile, amino asitler pozisyonları 654 ve 655’de izoform a’nın (al 624 ve 625 isoformları b pozisyonları) alel varyasyonları bildirilmiştir. Bu genin çoğalması ve / veya aşırı ekspresyonu, meme ve yumurtalık tümörleri dahil olmak üzere birçok kanserde bildirilmiştir. Alternatif ekleme, bazıları farklı izoformları kodlayan ve bazıları tamamen karakterize edilmemiş bazı ek transkript varyantları ile sonuçlanır. [RefSeq tarafından sağlanan, Temmuz 2008]
EPCAM
EPCAM geni, epitelyal hücresel adezyon molekülü (EpCAM) olarak bilinen bir proteini yapmak için talimatlar sağlar. Bu protein, vücudun yüzeylerini ve boşluklarını kaplayan hücreler olan epitel hücrelerinde bulunur. EpCAM proteini, hücrelerin birbirine yapışmasına yardımcı olan epitel hücreleri çevreleyen zarı kaplar (hücre yapışması). Ek olarak, hücre zarındaki protein, hücre dışından hücre çekirdeğine sinyallerin iletilmesine yardımcı olan hücre içi alan (EpICD) olarak adlandırılan bir parça bırakılarak belirli bir yerde kesilebilir. EpICD, çekirdeğe gider ve hücre büyümesi ve bölünmesi (çoğalması), olgunlaşması (farklılaşması) ve hareketi (göçü) ile ilgili birkaç genin aktivitesini düzenleyen bir grup (kompleks) oluşturan, diğer proteinlerle birleşir. Hücre ve dokuların doğru gelişimi için önemli süreçlerdir.
EPCAM geni Lynch sendromu gibi bir çok kanser türünün gözlendiği bir sendrom ile ilişkilendirilmiştir. Ayrıca konjenital enteropati ile ilişkilendirilmiştir.
ErbB4
Bu gen, Tyr protein kinaz ailesinin ve epidermal büyüme faktörü reseptör alt ailesinin bir üyesidir. Çoklu sistein bakımından zengin alanlar, bir transmembran alanı, bir tirozin kinaz alanı, bir fosfotidilinositol-3 kinaz bağlanma bölgesi ve bir PDZ alanı bağlanma motifi ile tek geçişli bir tip I membran proteini kodlar. Protein bağlanır ve neuregulinler ve diğer faktörler tarafından aktive edilir ve mitogenez ve farklılaşma dahil olmak üzere çeşitli hücresel tepkileri indükler. Çoklu proteolitik olaylar, sitoplazmik bir fragman ve hücre dışı bir fragmanın serbest bırakılmasına izin verir. Bu gendeki mutasyonlar kanserle ilişkilendirilmiştir. Alternatif olarak, farklı protein izoformlarını kodlayan eklenmiş varyantlar tarif edilmiştir; ancak, tüm değişkenler tam olarak tanımlanmamıştır. [RefSeq, Temmuz 2008]
EZH2
Bu gen, Polycomb grubu (PcG) ailesinin bir üyesini kodlar. PcG familyası üyeleri, arka arkaya hücre nesillerindeki genlerin transkripsiyonel baskılayıcı durumunun korunmasında yer alan multimerik protein kompleksleri oluşturur. Bu protein embriyonik ektoderm gelişim proteini, VAV1 onkoprotein ve X’e bağlı nükleer protein ile birleşir. Bu protein hematopoetik ve merkezi sinir sistemlerinde rol oynayabilir. Bu gen için farklı izoformları kodlayan çoklu alternatif parçalanmış transkript varyantları tanımlanmıştır.
[RefSeq, Şub 2011]
FBXW7
Bu gen, yaklaşık 40 amino asit motifi F-box ile karakterize edilen F-box protein ailesinin bir üyesini kodlar. F-box proteinleri, fosforilasyona bağlı ubiquitinasyonda işlev gören SCF’ler (SKP1-cullin-F-box) adı verilen ubiquitin protein ligaz kompleksinin dört alt biriminden birini oluşturur. F-box proteinleri 3 sınıfa ayrılır: WD-40 alanlarını içeren Fbws, lösin bakımından zengin tekrarları içeren Fbls ve farklı protein-protein etkileşim modüllerini içeren veya tanınabilen motifleri olmayan Fbx’ler. Bu gen tarafından kodlanan protein daha önce FBX30 olarak adlandırılmıştı ve Fbws sınıfına ait; Bir F-box’a ek olarak, bu protein 7 tandem WD40 tekrarı içerir. Bu protein doğrudan siklin E’ye bağlanır ve muhtemelen ubikuitin kaynaklı bozunma için siklin E’yi hedefler. Bu gendeki mutasyonlar, yumurtalık ve meme kanseri hücre hatlarında tespit edilir ve bu, genin insan kanserlerinin patogenezindeki potansiyel rolünü işaret eder. Bu gen için farklı izoformları kodlayan çoklu transkript varyantları bulunmuştur. [RefSeq, Mar 2012]
FGFR1
Bu gen tarafından kodlanan protein, amino asit dizisinin üyeler arasında ve evrim boyunca büyük ölçüde korunduğu fibroblast büyüme faktörü reseptörü (FGFR) ailesinin bir üyesidir. FGFR ailesi üyeleri ligand afiniteleri ve doku dağılımlarında birbirlerinden farklıdır. Tam uzunluktaki temsili bir protein, üç immünoglobulin benzeri alan, tek bir hidrofobik membran kapsayan bölüm ve bir sitoplazmik tirozin kinaz alanından oluşan hücre dışı bir bölgeden oluşur. Proteinin hücre dışı kısmı, hareket halinde aşağı akış sinyallerinin bir kaskadını harekete geçirerek nihayetinde mitogenezi ve farklılaşmayı etkileyen fibroblast büyüme faktörleriyle etkileşime girer. Bu özel aile üyesi hem asidik hem de bazik fibroblast büyüme faktörlerini bağlar ve uzuv endüksiyonunda rol oynar. Bu gendeki mutasyonlar, Pfeiffer sendromu, Jackson-Weiss sendromu, Antley-Bixler sendromu, osteoglophonik displazi ve otozomal dominant Kallmann sendromu 2 ile ilişkilidir. Alternatif olarak, farklı protein izoformlarını kodlayan eklenmiş varyantlar tarif edilmiştir; ancak, tüm değişkenler tam olarak tanımlanmamıştır. [RefSeq, Temmuz 2008]
FGFR2
Bu gen tarafından kodlanan protein, amino asit dizisinin üyeler arasında ve evrim boyunca büyük ölçüde korunduğu fibroblast büyüme faktörü reseptörü ailesinin bir üyesidir. FGFR ailesi üyeleri ligand afiniteleri ve doku dağılımlarında birbirlerinden farklıdır. Tam uzunluktaki temsili bir protein, üç immünoglobulin benzeri alan, tek bir hidrofobik membran kapsayan bölüm ve bir sitoplazmik tirozin kinaz alanından oluşan hücre dışı bir bölgeden oluşur. Proteinin hücre dışı kısmı, hareket halinde aşağı akış sinyallerinin bir kaskadını harekete geçirerek nihayetinde mitogenezi ve farklılaşmayı etkileyen fibroblast büyüme faktörleriyle etkileşime girer. Bu özel aile üyesi, izoforma bağlı olarak asidik, bazik ve / veya keratinosit büyüme faktörü için yüksek afiniteli bir reseptördür. Bu gendeki mutasyonlar, Crouzon sendromu, Pfeiffer sendromu, Craniosynostosis, Apert sendromu, Jackson-Weiss sendromu, Beare-Stevenson cutis gyrata sendromu, Saethre-Chotzen sendromu ve sendromik kraniyosinostoz ile ilişkilidir. Bu gen için farklı izoformları kodlayan çoklu alternatif eklenmiş transkript varyantları kaydedilmiştir. [RefSeq, Ocak 2009]
FGFR3
Bu gen, fibroblast büyüme faktörü reseptörü (FGFR) familyasının bir üyesini kodlar, amino asit sekansı üyeler arasında ve farklı türler arasında oldukça iyi korunur. FGFR ailesi üyeleri ligand afiniteleri ve doku dağılımlarında birbirlerinden farklıdır. Tam uzunluktaki temsili bir protein, üç immünoglobulin benzeri alan, tek bir hidrofobik membran kapsayan bölüm ve bir sitoplazmik tirozin kinaz alanından oluşan hücre dışı bir bölgeden oluşacaktır. Proteinin hücre dışı kısmı, hareket halinde aşağı akış sinyallerinin bir kaskadını harekete geçirerek nihayetinde mitogenezi ve farklılaşmayı etkileyen fibroblast büyüme faktörleriyle etkileşime girer. Bu özel aile üyesi asidik ve bazik fibroblast büyüme hormonunu bağlar ve kemik gelişimi ve bakımında rol oynar. Bu gendeki mutasyonlar kraniyosinostoza ve çoklu tip iskelet displazisine yol açar. [RefSeq, Ağu 2017 tarafından sağlanan]
FLT3
Bu gen, hematopoezi düzenleyen bir sınıf III reseptör tirozin kinazı kodlar. Bu reseptör, fms ile ilişkili tirozin kinaz 3 ligandının, hücre dışı bölgeye bağlanmasıyla aktive olur; bu, reseptörün otofosforilasyonuna yol açan plazma membranında homodimer oluşumunu indükler. Aktive edilmiş reseptör kinaz daha sonra apoptoz, proliferasyon ve kemik iliğinde hematopoetik hücrelerin farklılaşmasında rol oynayan yollardaki çoklu sitoplazmik efektör moleküllerini fosforile eder ve aktive eder. Bu alıcının yapıcı aktivasyonu ile sonuçlanan mutasyonlar, akut miyeloid lösemi ve akut lenfoblastik lösemi ile sonuçlanır.
[RefSeq, Ocak 2015]
GNA11
Bu gen tarafından kodlanan protein, çeşitli transmembran sinyalizasyon sistemlerinde modülatörler veya transdüserler olarak işlev gören guanin nükleotit bağlayıcı proteinler (G proteinleri) ailesine aittir. G proteinleri 3 birimden oluşur: alfa, beta ve gama. Bu gen, alfa alt birimlerinden birini (alt birim alfa-11) kodlar. Bu gendeki mutasyonlar, hipokalsiürik hiperkalsemi tip II (HHC2) ve hipokalsemi dominant 2 (HYPOC2) ile ilişkilendirilmiştir. HHC2 ve HYPOC2 olan hastalar, hücre dışı kalsiyum konsantrasyonlarındaki değişikliklere sırasıyla sırasıyla azalmış veya arttırılmış hassasiyet sergiler. [RefSeq, Aralık 2013]
GNAQ
Bu lokus bir guanin nükleotid bağlayıcı proteini kodlar. Gq sınıfında bir alfa alt birimi olan kodlanmış protein, fosolipaz C-beta aktivasyonuna yedi transmembran alan reseptörünü bağlar. Bu lokasyondaki mutasyonlar trombosit aktivasyonu ve toplanmasındaki problemlerle ilişkilendirilmiştir. Kromozom 2’de ilgili bir psödojen bulunmaktadır. [RefSeq, Kas 2010 tarafından sağlanmıştır]
GNAS
Bu lokus oldukça karmaşık baskılı bir anlatım düzenine sahip. Dört alternatif promotörden ve 5 ons eksondan türetilen maternal, babalık ve bialelık olarak eksprese edilmiş transkriptlere yol açar. Bazı transkriptler, 5 ons ekzonlarında diferansiyel olarak metillenmiş bir bölge (DMR) içerir ve bu DMR genellikle baskılı genlerde bulunur ve transkripsiyon ifadesiyle koreledir. Bir antisens transkripti, karşıt iplikçikteki örtüşen bir lokustan üretilir. Bu lokustan üretilen transkriptlerden biri ve antisens transkripti, kodlayıcı olmayan RNA’ları paternel olarak eksprese eder ve bu bölgedeki imprintasyonu düzenleyebilir. Ek olarak, transkriptlerden biri yapısal olarak alakasız bir proteini kodlayan ikinci bir örtüşen ORF içerir – Alex. Alternatif aşağı akım eksonlarının eklenmesi de gözlenir; bu, reseptör-ligand etkileşimlerini adenilil siklaz ve çeşitli hücresel tepelerin aktivasyonu ile bağlayan klasik sinyal iletim yolunun bir anahtar elemanı olan uyarıcı G-protein alfa alt ünitesinin farklı biçimleri ile sonuçlanır. Bu gen için farklı izoformları kodlayan çoklu transkript varyantları bulunmuştur. Bu gendeki mutasyonlar psödohipoparatiroidizm tip 1a, psödohipoparatiroidizm tip 1b, Albright kalıtsal osteodistrofi, psödohipohipoparatiroidizm, McCune-Albright sendromu, progresif osseus heteroplazisi, polostotik fibröz tümörler ve bazı hipofizlerin bazıları ile sonuçlanır. [RefSeq, Ağu 2012]
HNF1A
Bu gen tarafından kodlanan protein, birkaç karaciğere özgü genin ekspresyonu için gerekli bir transkripsiyon faktörüdür. Kodlanmış protein bir homodimer olarak işlev görür ve ters çevrilmiş palindrom 5′-GTTAATNATTAAC-3 ′’ye bağlanır. Bu gendeki kusurlar, genç tip 3’te (MODY3) olgunlaşmaya başlayan diyabetin bir nedenidir ve ayrıca hepatik adenomların ortaya çıkmasına neden olabilir. Alternatif ekleme, farklı izoformları kodlayan çoklu transkript varyantları ile sonuçlanır. [RefSeq, Nis 2015]
HRAS
Bu gen, üyeleri memeli sarkoması retrovirüslerinin dönüştürücü genleriyle ilişkili olan Ras onkogen ailesine aittir. Bu genler tarafından kodlanan ürünler, sinyal iletim yollarında işlev görür. Bu proteinler GTP ve GDP’ye bağlanabilir ve kendi GTPaz aktivitesine sahiptirler. Bu protein, plazma zarı ile Golgi aparatı arasındaki hızlı değişimini düzenleyen sürekli bir de-palmitoilasyon döngüsünden geçer. Bu gendeki mutasyonlar, doğum öncesi aşamada büyüme, doğum sonrası aşamada büyüme eksikliği, tümör oluşumuna yatkınlık, zihinsel gerilik, cilt ve kas-iskelet sistemi anormallikleri, belirgin yüz görünümü ve kardiyovasküler anormalliklerle karakterize bir hastalık olan Costello sendromuna neden olur. Bu gendeki kusurlar, mesane kanseri, foliküler tiroid kanseri ve oral skuamöz hücreli karsinom dahil olmak üzere çeşitli kanserlerde ortaya çıkar. Bu gen için farklı izoformları kodlayan çoklu transkript varyantları tanımlanmıştır. [RefSeq, Temmuz 2008]
IDH1
İzositrat dehidrojenazlar, izositratın 2-okzotatata oksidatif dekarboksilasyonunu katalize eder. Bu enzimler, biri elektron alıcısı ve diğer NADP (+) olarak NAD (+) kullanan iki ayrı alt sınıfa aittir. Beş izositrat dehidrojenaz bildirilmiştir: mitokondriyal matrikse lokalize olan üç NAD (+) bağımlı izositrat dehidrojenaz ve bir tanesi mitokondriyal ve diğer ağırlıklı olarak sitozolik olan iki NADP (+) bağımlı izositrat dehidrojenaz. Her NADP (+) bağımlı izozim bir homodimerdir. Bu gen tarafından kodlanan protein, sitoplazmada ve peroksizomlarda bulunan NADP (+) bağımlı izositrat dehidrojenazdır. PTS-1 peroksizomal hedefleme sinyal dizisini içerir. Peroksizomlarda bu enzimin varlığı, 2, 4-dienoil-CoA’ların 3-enoil-CoA’lara dönüştürülmesi gibi, yani 2-oksotaratı, yani 2-oksotaratı tüketen peroksizomal reaksiyonlarda NADPH’nin rejenerasyonunda rol oynar.Sitoplazmik enzim, sitoplazmik NADPH üretiminde önemli bir rol oynar. Alternatif olarak, aynı proteini kodlayan eklenmiş transkript varyantları bu gen için bulunmuştur. [RefSeq, Eyl 2013]
IDH2
İzositrat dehidrojenazlar, izositratın 2-okzotatata oksidatif dekarboksilasyonunu katalize eder. Bu enzimler, biri elektron alıcısı ve diğer NADP (+) olarak NAD (+) kullanan iki ayrı alt sınıfa aittir. Beş izositrat dehidrojenaz bildirilmiştir: mitokondriyal matrikse lokalize olan üç NAD (+) bağımlı izositrat dehidrojenaz ve bir tanesi mitokondriyal ve diğer ağırlıklı olarak sitozolik olan iki NADP (+) bağımlı izositrat dehidrojenaz. Her NADP (+) bağımlı izozim bir homodimerdir. Bu gen tarafından kodlanan protein, mitokondride bulunan NADP (+) bağımlı izositrat dehidrojenazdır. Ara metabolizmada ve enerji üretiminde rol oynar. Bu protein, piruvat dehidrojenaz kompleksi ile sıkı bir şekilde birleşebilir veya etkileşime girebilir. Alternatif ekleme, çoklu transkript varyantlarına yol açar. [RefSeq, Şub 2014]
JAK2
Bu gen ürünü, belirli bir sitokin reseptörü sinyal yolağı alt kümesinde yer alan bir protein tirozin kinazdır. Prolaktin reseptörü ile yapısal olarak ilişkili olduğu bulunmuştur ve gama interferonuna verilen cevaplar için gereklidir. Bu gen için aktif bir protein ifade etmeyen fareler, kesin eritropoezinin yokluğu ile bağlantılı embriyonik öldürücülük sergiler. [RefSeq, Temmuz 2008]
JAK3
Bu gen tarafından kodlanan protein, sitokin reseptör aracılı hücre içi sinyal transdüksiyonunda yer alan Janus kinaz (JAK) tirozin kinaz ailesinin bir üyesidir. Çoğunlukla immün hücrelerde eksprese edilir ve interlökin reseptörleri tarafından tirozin fosforilasyonu yoluyla aktivasyonuna cevap olarak bir sinyal iletir. Bu gendeki mutasyonlar, otozomal SCID (şiddetli kombine immün yetmezlik hastalığı) ile ilişkilidir. [RefSeq, Temmuz 2008]
KDR
Vasküler endotel büyüme faktörü (VEGF), endotel hücreleri için majör bir büyüme faktörüdür. Bu gen, VEGF’nin iki reseptöründen birini kodlar. Kinaz insert domeni reseptörü olarak bilinen bu reseptör, bir tip III reseptör tirozin kinazdır. VEGF’nin neden olduğu endotel proliferasyonu, sağkalım, göç, tübüler morfogenez ve filizlenme ana aracısı olarak işlev görür. Bu alıcının sinyali ve kaçakçılığı, Rab GTPaz, P2Y pürin nükleotit reseptörü, integrin alfaVbeta3, T-hücre proteini tirozin fosfataz, vb. Gibi birçok faktör tarafından düzenlenir. [RefSeq, Mayıs 2009]
KIT
Bu gen proto-onkojen c-kitinin insan homologunu kodlar. C-kit ilk önce kedi sarkomu viral onkojen v-kitinin hücresel homolojisi olarak tanımlandı. Bu protein, MGF için bir tip 3 transmembran reseptörüdür (mast hücre büyüme faktörü, aynı zamanda kök hücre faktörü olarak da bilinir). Bu gendeki mutasyonlar, gastrointestinal stromal tümörler, mast hücre hastalığı, akut miyeloid lösemi ve pebaldism ile ilişkilidir. Bu gen için farklı izoformları kodlayan çoklu transkript varyantları bulunmuştur. [RefSeq, Temmuz 2008]
KRAS
Bu gen, memeli ras gen ailesinden bir Kirsten ras onkojen homoloğu, küçük GTPase süper ailesinin bir üyesi olan bir proteini kodlar. Aktive edici bir mutasyondan tek bir amino asit ikamesi sorumludur. Oluşan dönüştürücü protein, akciğer adenokarsinomu, müsinöz adenom, pankreasın duktal karsinoması ve kolorektal karsinomun da dahil olduğu çeşitli malignitelerde yer almaktadır. Alternatif ekleme, C-terminal bölgesinde farklı olan iki izoformu kodlayan varyantlara yol açar. [RefSeq, Temmuz 2008]
MET
Bu gen, reseptör tirozin kinaz protein ailesinin bir üyesini ve proto-onkogen MET ürününü kodlar. Kodlanmış preproprotein, olgun reseptörü oluşturmak üzere disülfit bağları ile bağlanmış alfa ve beta alt birimleri üretmek için proteolitik olarak işlenir. Beta alt birimin daha ileri işlenmesi, akciğer fibrozunu azalttığı gösterilen M10 peptidinin oluşumuyla sonuçlanır. Ligandının bağlanması, hepatosit büyüme faktörü, hücresel hayatta kalma, embriyogenez ve hücresel göç ve istilada rol oynayan reseptörün dimerizasyonunu ve aktivasyonunu indükler. Bu gendeki mutasyonlar papiller böbrek hücreli karsinom, hepatosellüler karsinom ve çeşitli baş boyun kanserleri ile ilişkilidir. Bu genin çoğalması ve aşırı ekspresyonu ayrıca çoklu insan kanserleri ile de ilişkilidir. [RefSeq, Mayıs 2016]
MLH1
Bu gen tarafından kodlanan protein, DNA uyumsuzluğu tamir sisteminin bir parçası olan MutL alfa oluşturmak üzere uyumsuzluk onarım endonükleaz PMS2 ile heterodimerize olabilir. MutL alfa, MutS beta ve bazı yardımcı proteinler ile bağlandığında, MutL alfa’nın PMS2 alt birimi, DNA uyumsuzluklarının yanında bir dış iplik kopması meydana getirir ve bu, eksonükleaz bozunması için bir giriş noktası sağlar. Kodlanmış protein ayrıca DNA hasar sinyallemesine de katılır ve mayozda yer alan MutL gama oluşturmak için DNA uyumsuzluğu onarım proteini MLH3 ile heterodimerize olabilir. Bu gen kalıtsal polipozis olmayan kolon kanserinde (HNPCC) sıklıkla mutasyona uğramış bir lokus olarak tanımlanmıştır. [RefSeq, Ağu 2017]
MPL
1990 yılında, farklı soylardan kemik iliği hematopoetik hücreleri ölümsüzleştirebilen fare miyeloproliferatif lösemi virüsünden v-mpl olarak bir onkogen tanımlandı. 1992’de c-mpl adlı insan homologu klonlandı. Sekans verileri, c-mpl’nin, hematopoetik reseptör süper ailesinin üyeleriyle homolog olan bir proteini kodladığını ortaya koydu. C-mpl’nin anti-sens oligodeoksinükleotitlerinin varlığı, megakaryosit koloni oluşumunu inhibe etti. C-mpl, trombopoietin için ligand 1994 yılında klonlanmıştır. Trombopoietinin, megakaryositototi ve trombosit oluşumunun ana düzenleyicisi olduğu gösterilmiştir. C-mpl geni, CD110 tarafından kodlanan protein, iki hücre dışı sitokin reseptörü alanı ve iki hücre içi sitokin alıcı kutusu motifi ile 635 amino asit transmembran alanıdır. TPO-R eksikliği olan fareler, CD110 ve trombopoietinin megakaryosit ve trombosit oluşumundaki önemli rolünü vurgulayan ciddi bir şekilde trombositopenikti. Trombopoietin CD110’un bağlanması üzerine dimerize edilir ve reseptör olmayan tirozin kinazların JAK ailesi ve ayrıca STAT ailesi, MAPK ailesi, adaptör proteini Shc ve reseptörlerin kendisi tirozin fosforile edilir. [RefSeq tarafından sağlanan, Temmuz 2008]
MSH2
MSH2 geni, DNA onarımında önemli bir rol oynayan bir proteini yapmak için talimatlar sağlar. Bu protein, hücre kopyalanmasına hazırlanırken DNA kopyalandığında yapılan hataların (DNA replikasyonu) düzeltilmesine yardımcı olur. MSH2 proteini, bir protein kompleksi oluşturmak üzere MSH6 veya MSH3 (her biri farklı bir genden üretilir) olan diğer iki proteinden biri ile birleşir. Bu kompleks, DNA replikasyonu sırasında hataların yapıldığı DNA üzerindeki konumları tanımlar. Başka bir grup protein olan MLH1-PMS2 protein kompleksi, daha sonra hataları onarır. MSH2 geni, uyumsuzluk onarımı (MMR) genleri olarak bilinen bir dizi genin üyesidir.
MSH2 Lynch sendromu ve over kanseri ile ilişkilendirilmiştir.
MSH 6
MSH6 geni, DNA’nın onarılmasında önemli bir rol oynayan bir proteini yapmak için talimatlar sağlar. Bu protein, hücre kopyalanmasına hazırlanırken DNA kopyalandığında yapılan hataların (DNA replikasyonu) düzeltilmesine yardımcı olur. MSH6 proteini, bir protein kompleksi oluşturmak için MSH2 (MSH2 geninden üretilen) adı verilen başka bir protein ile birleşir. Bu kompleks, DNA replikasyonu sırasında hataların yapıldığı DNA üzerindeki konumları tanımlar. Başka bir grup protein olan MLH1-PMS2 protein kompleksi, daha sonra hataları onarır. MSH6 geni, uyumsuzluk onarımı (MMR) genleri olarak bilinen bir dizi genin üyesidir.
MSH6 geni Lynch sendromu ve over kanseri ile ilişkilendirilmiştir.
MUTHY
MUTYH geni, DNA’nın tamirinde rol alan MYH glikosilaz adı verilen bir enzim yapmak için talimatlar sağlar. Bu enzim, DNA kopyalandığında (DNA replikasyonu) hücre bölünmesi için hazırlanan belirli hataları düzeltir. DNA, her biri belirli bir ortağa sahip olan nükleotitler denilen yapı taşlarından oluşur. Normal olarak adenin, timinle (A-T olarak yazılmıştır) ve guanin ile sitozinle (G-C olarak yazılır) eşleşir. Normal hücresel aktiviteler sırasında, guanin bazen oksijen tarafından değişerek, sitozin yerine adenin ile eşleşmesine neden olur. MYH glikosilazı bu hatayı düzeltir, böylelikle mutasyonlar DNA’da birikir ve tümör oluşumuna yol açar. Bu tip bir onarım temel eksizyon onarımı olarak bilinir.
MUTHY geni ailesel adenomatozis polipozis kanseri ile ilişkilendirilmiştir.
NOTCH1
Bu gen, NOTCH protein ailesinin bir üyesini kodlar. Bu Tip I transmembran protein ailesinin üyeleri, çoklu epidermal büyüme faktörü benzeri (EGF) tekrarlardan oluşan bir hücre dışı alanı ve çoklu farklı alan tiplerinden oluşan bir hücre içi alanı içeren yapısal özellikleri paylaşır. Çentik sinyali, Notch ailesi reseptörlerinin konjuge ligandlarına bağlanması yoluyla fiziksel olarak bitişik hücreler arasındaki etkileşimleri düzenleyen evrimsel olarak korunmuş hücreler arası bir sinyal yoludur. Kodlanmış preproprotein, trans-Golgi ağında proteolitik olarak işlenerek olgun hücre yüzeyi reseptörünü oluşturmak üzere heterodimerize olan iki polipeptit zinciri oluşturur. Bu reseptör, çok sayıda hücre ve doku tipinin gelişiminde rol oynar. Bu gendeki mutasyonlar aort kapak hastalığı, Adams-Oliver sendromu, T hücreli akut lenfoblastik lösemi, kronik lenfositik lösemi ve baş boyun skuamöz hücreli karsinom ile ilişkilidir. [RefSeq, Oca 2016]
NPM1
Bu gen tarafından kodlanan protein, centrozom replikasyonu, protein chaperoning ve hücre proliferasyonu dahil olmak üzere çeşitli hücresel işlemlerde rol oynar. Kodlanmış fosfoprotein, nükleolus, çekirdek ve sitoplazma, şapperan ribozomal proteinler ve çekirdek histondan sitoplazmaya çekirdek histonları arasında yer alır. Bu proteinin, nükleolde tümör baskılayıcı ARF’yi sekestre ettiği ve ihtiyaç duyulana kadar bozulmadan koruduğu da bilinmektedir. Bu gendeki mutasyonlar akut miyeloid lösemi ile ilişkilidir. Bu genin düzinelerce psödojen tanımlandı. [RefSeq, Ağu 2017]
NRAS
Bu, Golgi cihazı ile plazma zarı arasına giren bir zar proteinini kodlayan bir N-ras onkogendir. Bu mekik, ZDHHC9-GOLGA7 kompleksi tarafından palmitoilasyon ve depalmitoilasyon ile düzenlenir. İçsel GTPaz aktivitesine sahip olan kodlanmış protein, bir guanin nükleotid değişim faktörü ile aktive edilir ve bir GTPaz aktive edici protein tarafından inaktive edilir. Bu gendeki mutasyonlar somatik rektal kanser, foliküler tiroid kanseri, otoimmün lenfoproliferatif sendrom, Noonan sendromu ve juvenil miyelomonositik lösemi ile ilişkilidir. [RefSeq, Haz 2011]
PALB2
Bu gen, tümörün baskılanmasında işlev görebilecek bir proteini kodlar. Bu protein, nükleer odaklarda meme kanseri 2’nin erken başlangıçlı proteini (BRCA2) bağlar ve kolokalize eder ve muhtemelen stabil intranükleer lokalizasyona ve BRCA2 birikmesine izin verir. [RefSeq, Temmuz 2008]
PALB2 geni fankoni anemisi, yumurtalık kanseri, meme kanseri, pankreas kanseri, ailesel meme kanseri ile ilişkilidir.
PDGFRA
Bu gen, trombosit kaynaklı büyüme faktörü ailesinin üyeleri için bir hücre yüzeyi tirozin kinaz reseptörünü kodlar. Bu büyüme faktörleri, mezenkimal kökenli hücreler için mitojenlerdir. Bir reseptör monomerine bağlı büyüme faktörünün kimliği, fonksiyonel reseptörün, hem trombosit kaynaklı büyüme faktörü reseptörü alfa hem de beta polipeptitlerinden oluşan bir homodimer veya heterodimer olup olmadığını belirler. Araştırmalar, bu genin organ gelişiminde, yara iyileşmesinde ve tümör ilerlemesinde rol oynadığını gösteriyor. Bu gendeki mutasyonlar, idiyopatik hipereozinofilik sendrom, somatik ve ailesel gastrointestinal stromal tümörler ve çeşitli başka kanserler ile ilişkilendirilmiştir. [RefSeq, Mar 2012]
PIK3CA
Fosfatidilinositol 3-kinaz, 85 kDa düzenleyici bir alt birimden ve 110 kDa katalitik bir alt birimden oluşur. Bu gen tarafından kodlanan protein, PtdIns, PtdIns4P ve PtdIns (4,5) P2’yi fosforile etmek için ATP kullanan katalitik alt birimi temsil eder. Bu genin onkojenik olduğu bulundu ve rahim ağzı kanserlerine dahil edildi. Bu genin bir psödogeni, 22 kromozomu üzerinde tanımlanmıştır. [RefSeq, Nis 2016]
PMS2
PMS2 geni, DNA’nın onarılmasında önemli rol oynayan bir proteini yapmak için talimatlar sağlar. Bu protein, hücre kopyalanmasına hazırlanırken DNA kopyalandığında yapılan hataların (DNA replikasyonu) düzeltilmesine yardımcı olur. PMS2 proteini, bir protein kompleksi oluşturmak üzere MLH1 (MLH1 geninden üretilen) adı verilen başka bir protein ile birleşir. Bu kompleks, DNA replikasyonu sırasında yapılan hataları gideren diğer proteinlerin aktivitelerini koordine eder. Onarımlar, hata içeren DNA kesiti çıkarılarak ve düzeltilmiş bir DNA dizisi ile değiştirilerek yapılır. PMS2 geni, uyumsuzluk onarımı (MMR) genleri olarak bilinen bir dizi genin üyesidir.
PMS2 geni Lynch sendromu, over kanseri, kolorektal kanser ve lösemi ile ilişkilendirilmiştir. Ayrıca alopesi areata ile ilişkisi olduğu düşünülmektedir.
POLD1
Bu gen, DNA polimeraz deltasının 125-kDa katalitik alt birimini kodlar. DNA polimeraz deltası hem polimeraz hem de 3 ‘ila 5’ eksonükleaz aktivitesine sahiptir ve DNA replikasyonu ve onarımında kritik bir rol oynar. Alternatif olarak bu gen için eklenmiş transkript varyantları gözlemlendi ve bu genin bir psödojeni, kromozom 6’nın uzun koluna yerleştirildi. [RefSeq, Mar 2012]
POLD1 geni kolorektal kanser ile ilişkilendirilmiştir.
PTEN
Bu gen, yüksek sayıda çok sayıda kanserde mutasyona uğramış bir tümör baskılayıcı olarak tanımlandı. Bu gen tarafından kodlanan protein, bir fosfatidilinositol-3,4,5-trisfosfat 3-fosfatazdır. Tensin benzeri bir alanın yanı sıra çift özgüllüklü protein tirozin fosfatazlannınkine benzer bir katalitik alan içerir. Protein tirozin fosfatazlarının çoğundan farklı olarak, bu protein tercihen fosfoinositid substratları fosforlu hale getirir. Hücrelerdeki hücre içi fosfatidilinositol-3,4,5-trisfosfat seviyelerini negatif olarak düzenler ve AKT / PKB sinyal yolunu negatif olarak düzenleyerek tümör baskılayıcı olarak işlev görür. Bir kanonik olmayan (CUG) yukarı akış başlatma sahasının kullanılması, bir lösin ile translasyonu başlatan daha uzun bir izoform üretir ve tercihen mitokondriyal iç zarla ilişkili olduğu düşünülür. Bu daha uzun izoform, mitokondride enerji metabolizmasının düzenlenmesine yardımcı olabilir. Bu genin bir psödogeni, kromozom 9’da bulunur. Alternatif ekleme ve çoklu çeviri başlangıç kodonlarının kullanılması, farklı izoformları kodlayan çoklu transkript varyantlarına yol açar. [RefSeq tarafından sağlanan, Şubat 2015]
POLE
Bu gen, DNA polimeraz epsilonun katalitik alt birimini kodlar. Enzim, DNA onarımında ve kromozomal DNA replikasyonunda rol oynar. Bu gendeki mutasyonlar kolorektal kanser 12 ve yüz dismorfikliği, immün yetmezlik, livedo ve kısa boy ile ilişkilendirilmiştir. [RefSeq, Eyl 2013]
POLE geni kolorektal kanser ve invazif adenokarsinom ile ilişkilendirilmiştir.
PTEN
PTEN geni, vücuttaki hemen hemen tüm dokularda bulunan bir enzim yapmak için talimatlar sağlar. Enzim, bir tümör bastırıcı olarak işlev görür; bu, hücrelerin çok hızlı bir şekilde büyümesini ve bölünmesini önleyerek veya kontrolsüz bir şekilde tutmasını sağlayarak hücre bölünmesini düzenlemeye yardımcı olduğu anlamına gelir. PTEN enzimi, her biri üç oksijen atomu ve bir fosfor atomundan oluşan fosfat gruplarını kaldırarak diğer proteinleri ve yağları (lipitler) değiştirir. Bu fonksiyona sahip olan enzimlere fosfatazlar denir.
PTEN enzimi, hücrelerin bölünmeyi durduracaklarını bildiren ve hücreleri apoptoz denilen bir süreçte kendini yok etmeye tetikleyen kimyasal bir yolun parçasıdır. Kanıtlar, bu enzimin ayrıca hücre hareketini (göç), hücrelerin çevre dokulara yapışmasını (yeni hücrelerin yapışmasını) ve yeni kan damarlarının oluşumunu (anjiyogenez) kontrol etmeye yardımcı olduğunu ileri sürer. Ek olarak, muhtemelen hücrenin genetik bilgisinin stabilitesinin korunmasında rol oynar. Bu fonksiyonların tümü, tümör oluşumuna yol açabilecek kontrolsüz hücre büyümesini önlemeye yardımcı olur.
PTEN geni meme kanseri, baş ve boyun skuamoz hücreli adenokanseri, prostat kanseri başta olmak üzere bir çok kanser türü ve farklı hastalıklarla ilişkilendirilmiştir.
PTPN11
Bu gen tarafından kodlanan protein, protein tirozin fosfataz (PTP) familyasının bir üyesidir. PTP’lerin, hücre büyümesi, farklılaşma, mitotik döngü ve onkogenik transformasyon dahil olmak üzere çeşitli hücresel işlemleri düzenleyen sinyal molekülleri olduğu bilinmektedir. Bu PTP, fosfo-tirozin bağlama bölgeleri olarak işlev gören ve bu PTP’nin substratları ile etkileşmesine aracılık eden iki tandem Src homolojisi-2 alanı içerir. Bu PTP, çoğu dokuda yaygın olarak eksprese edilir ve mitojenik aktivasyon, metabolik kontrol, transkripsiyon düzenlemesi ve hücre göçü gibi çeşitli hücre fonksiyonları için önemli olan çeşitli hücre sinyal olaylarında düzenleyici bir rol oynar. Bu gendeki mutasyonlar, akut miyeloid löseminin yanı sıra Noonan sendromunun bir nedenidir. [RefSeq, Ağu 2016]
RAD51C
Bu gen, RAD51 ailesinin bir üyesidir. RAD51 ailesi üyeleri, bakteriyel RecA ve Saccharomyces cerevisiae Rad51’e oldukça benzerdir ve DNA’nın homolog rekombinasyonunda ve onarımında yer aldığı bilinmektedir. Bu proteinin diğer RAD51 paralogları ile etkileşime girebildiği ve Holliday birleşim çözünürlüğü için önemli olduğu bildirilmiştir. Bu gendeki mutasyonlar Fanconi anemi benzeri sendromla ilişkilidir. Bu gen, amplifikasyonun göğüs tümörlerinde sıkça gerçekleştiği bir kromozom 17q23 bölgesine lokalize edilmiş dört kişiden biridir. Amplifikasyon sırasında dört genin aşırı ekspresyonu gözlemlenmiştir ve tümörün ilerlemesinde olası bir rol öne sürmektedir. Alternatif ekleme, çoklu transkript varyantlarına yol açar. [RefSeq, Temmuz 2013]
RAD51C meme kanseri ve over kanseri ile fankoni anemisi ile ilişkilendirilmiştir.
RAD51D
Bu gen tarafından kodlanan protein, RAD51 protein ailesinin bir üyesidir. RAD51 ailesi üyeleri, DNA’nın homolog rekombinasyonunda ve onarımında rol oynadıkları bilinen bakteriyel RecA ve Saccharomyces cerevisiae Rad51’e oldukça benzerdir. Bu protein, RAD51L1, RAD51L2 ve XRCC2 dahil olmak üzere, RAD51 ailesinin diğer bazı üyeleri ile bir kompleks oluşturur. Bu protein ile oluşturulan protein kompleksinin, tek ve çift sarmallı DNA arasındaki homolog eşleşmeyi katalize ettiği ve DNA’nın rekombinasyonel onarımının erken aşamasında bir rol oynadığı düşünülmektedir. Alternatif ekleme, çoklu transkript varyantlarına yol açar. Okuma transkripsiyonu ayrıca bu gen ile aşağı akış halkası parmağı ve 1 (RFFL) geni içeren FYVE benzeri alan arasında da mevcuttur. [RefSeq, Oca 2011]
RAD51D meme kanseri ve over kanseri ile ilişkilendirilmiştir.
RB1
Bu gen tarafından kodlanan protein, hücre döngüsünün negatif bir düzenleyicisidir ve bulunan ilk tümör baskılayıcı gendir. Kodlanmış protein ayrıca, genel kromatin yapısını korumak için yapısal heterokromatini stabilize eder. Proteinin aktif, hipofosforile edilmiş formu, transkripsiyon faktörü E2F1’i bağlar. Bu gendeki bozukluklar çocukluk çağı kanseri retinoblastomunun (RB), mesane kanserinin ve osteojenik sarkomun bir nedenidir. [RefSeq tarafından sağlanan, Temmuz 2008]
RET
Bu gen bir transmembran reseptörünü ve proteinlerin tirozin protein kinaz ailesinin bir üyesini kodlar. GDNF (glial hücre çizgisi türevli nörotrofik faktör) ve diğer ilgili proteinler gibi ligandların kodlanmış reseptöre bağlanması, hücre farklılaşması, büyümesi, büyümesi ve hayatta kalmasında rol oynayan reseptör dimerizasyonunu ve akış aşağı sinyal yollarının aktivasyonunu uyarır. Kodlanmış reseptör, sinir sisteminin gelişmesinde ve sinir kretinden türetilen organların ve dokuların geliştirilmesinde önemlidir. Bu proto-onkojen, hem sitogenetik yeniden düzenleme ve aktive edici nokta mutasyonları yoluyla onkogenik aktivasyona uğrayabilir. Bu gendeki mutasyonlar, Hirschsprung hastalığı ve merkezi hipoventilasyon sendromu ile ilişkilidir ve böbrek agenezisi olan hastalarda tanımlanmıştır. [RefSeq, Eyl 2017 tarafından sağlanan]
SMAD4
Bu gen, Smad ailesi sinyal iletim proteinlerinin bir üyesini kodlar. Smad proteinleri, fosforile edilir ve transforme büyüme faktörü (TGF) -beta sinyallemesine cevap olarak transmembran serin-treonin reseptörü kinazları tarafından aktive edilir. Bu genin ürünü, daha sonra çekirdekte biriken ve hedef genlerin transkripsiyonunu düzenleyen diğer aktive Smad proteinleri ile homomerik kompleksler ve heteromerik kompleksler oluşturur. Bu protein, DNA’ya bağlanır ve Smad-bağlayıcı element (SBE) olarak adlandırılan 8-bp palindromik bir sekansı (GTCTAGAC) tanır. Protein, bir tümör baskılayıcı olarak görev yapar ve epitel hücre çoğalmasını önler. Ayrıca, anjiyojenezi azaltarak ve kan damarı aşırı geçirgenliğini artırarak tümörler üzerinde inhibe edici bir etkiye sahip olabilir. Kodlanmış protein, kemik morfogenetik protein sinyal yolunun önemli bir bileşenidir. Smad proteinleri, translasyon sonrası değişiklikler ile karmaşık düzenlemelere tabidir. Bu gendeki mutasyonların veya silmelerin pankreas kanseri, jüvenil polipozis sendromu ve kalıtsal hemorajik telanjiektazi sendromu ile sonuçlandığı gösterilmiştir. [RefSeq, Ağu 2017 tarafından sağlanan]
SMARCB1
Bu gen tarafından kodlanan protein, transkripsiyonel makinenin hedeflerine daha etkili bir şekilde ulaşmasını sağlayan baskıcı kromatin yapılarını rahatlatan bir kompleksin parçasıdır. Kodlanmış nükleer protein, HIV-1 integrasyonunun DNA birleşme aktivitesine de bağlanabilir ve onu artırabilir. Bu genin bir tümör baskılayıcı olduğu bulundu ve bunun içindeki mutasyonlar malign rabdoid tümörlerle ilişkilendirildi. Alternatif olarak bu gen için eklenmiş transkript varyantları bulunmuştur. [RefSeq, Aralık 2015 tarafından sağlanan]
SMO
Bu gen tarafından kodlanan protein, kirpi proteinleri için bir reseptör olan yamalı protein ile etkileşime giren G proteinine bağlı bir reseptördür. Kodlanmış protein, bir kirpi proteini / yamalı protein kompleksi tarafından aktifleştirildikten sonra diğer proteinlere sinyal iletir. [RefSeq, Temmuz 2010]
SRC
Bu gen, Rous sarkoma virüsünün v-src genine oldukça benzerdir. Bu proto-onkogen, embriyonik gelişim ve hücre büyümesinin düzenlenmesinde rol oynayabilir. Bu gen tarafından kodlanan protein, etkinliği c-SRC kinaz tarafından fosforilasyon ile inhibe edilebilen bir tirozin-protein kinazdır. Bu gendeki mutasyonlar, kolon kanserinin habis ilerlemesinde rol oynayabilir. Bu gen için aynı proteini kodlayan iki transkript varyantı bulunmuştur. [RefSeq, Temmuz 2008]
STK11
Serin / treonin kinaz ailesinin bir üyesini kodlayan bu gen, hücre polaritesini düzenler ve bir tümör baskılayıcı olarak işlev görür. Bu gendeki mutasyonlar, gastrointestinal sistemdeki poliplerin büyümesi, cilt ve ağızdaki pigmentli maküller ve diğer neoplazmalar ile karakterize otozomal dominant bir hastalık olan Peutz-Jeghers sendromu ile ilişkilendirilmiştir. Bu genin alternatif transkripsiyonel splice varyantları gözlendi, ancak tam olarak karakterize edilmedi. [RefSeq, Temmuz 2008]
TP53
Bu gen, transkripsiyonel aktivasyon, DNA bağlama ve oligomerizasyon alanlarını içeren bir tümör baskılayıcı proteini kodlar. Kodlanmış protein, hedef genlerin ekspresyonunu düzenlemek için çeşitli hücresel streslere tepki verir, böylece hücre döngüsü durması, apoptoz, yaşlanma, DNA onarımı veya metabolizma değişikliklerine neden olur. Bu gendeki mutasyonlar, Li-Fraumeni sendromu gibi kalıtsal kanserler dahil olmak üzere çeşitli insan kanserleri ile ilişkilidir. Bu genin alternatif birleştirilmesi ve alternatif promotörlerin kullanılması, çoklu transkript varyantları ve izoformları ile sonuçlanır. Ek izoformların aynı transkript varyantlarından alternatif çeviri başlatma kodonlarının kullanımından kaynaklandığı da gösterilmiştir. [RefSeq, Ara 2016]
VHL
Von Hippel-Lindau sendromu (VHL), çeşitli malign ve iyi huylu tümörlere yatkın dominant kalıtsal bir aile kanseri sendromudur. Bu genin germline mutasyonu, VHL sendromunun ailesel kalıtımının temelidir. Bu gen tarafından kodlanan protein, Bong, Cong ve Cullin-2’yi içeren ve ubiquitin ligaz E3 aktivitesine sahip olan protein kompleksinin bir bileşenidir. Bu protein, gen ekspresyonunun oksijen ile düzenlenmesinde merkezi bir rol oynayan bir transkripsiyon faktörü olan hipoksi ile indüklenebilir faktörün (HIF) her yerde çoğaltılması ve parçalanmasında rol oynar. RNA polimeraz II alt ünitesinin POLR2G / RPB7’nin de bu proteinin bir hedefi olduğu bildirilmektedir. Alternatif olarak, farklı izoformları kodlayan eklenmiş transkript varyantları gözlenmiştir. [RefSeq, Temmuz 2008]
Referanslar:
https://ghr.nlm.nih.gov/gene
www.circulogene.com
